Στα Εργοστάσια Επεξεργασίας Λυμάτων λειτουργούν τα ενδεδειγμένα Εργαστήρια τα οποία είναι υπεύθυνα για τον έλεγχο της ποσότητας και ποιότητας τόσο των εισερχόμενων λυμάτων όσο και της εξερχόμενης ροής επεξεργασμένου νερού.